这是一个当人类仍鲜少与宝可梦亲近生活的遥远过去的故事。 在前往洗翠地区的船上，晓星想起和父亲初次去那个地方的时候。 「人和宝可梦是不能共存的」 幼小的晓星被父亲这样教导著。 就在此时，在被雪覆盖的森林中和晓星相遇的是一只洗翠的样子索罗亚――。 人真的不能和宝可梦共存吗？
